Onderzoekers van het Centrum Wiskunde & Informatica (CWI) in Amsterdam hebben een nieuwe methode ontwikkeld om eiwitten met elkaar te vergelijken. Hierdoor kunnen biologen beter achterhalen wat de functie van een eiwit is. De Amsterdamse onderzoekers Inken Wohlers en Gunnar Klau presenteren hun resultaten samen met hun collega’s van het Franse INRIA deze maand in een Featured Article in Nucleic Acid Research. De methode is vrij beschikbaar als online applicatie.
Biologen vergelijken eiwitten om vanuit de structuur de functie van een eiwit te achterhalen. Eiwitmoleculen bestaan uit tientallen tot duizenden aminozuren die in complexe driedimensionale structuren in elkaar gevouwen zitten. Deze structuur bepaalt wat het eiwit doet. Om de functie van een onbekend eiwit te achterhalen, vergelijken biologen daarom vaak de structuur met dat van een bekend eiwit. Daarnaast zijn vergelijkingen ook bruikbaar in de evolutiebiologie: ze geven de evolutionaire relatie tussen eiwitten weer.
Omdat het correct vergelijken van eiwtten vanwege hun complexe structuur zo ingewikkeld is, gebruiken biologen computeralgoritmes om dit te doen. Maar over de te gebruiken methode zijn ze het nog altijd niet eens. ‘Er zijn veel criteria te bedenken zijn waarop je eiwitten kunt vergelijken, waardoor er veel verschillende methoden in omloop zijn, ‘ zegt Wohlers. ‘Wij hebben geen nieuw criterium bedacht, maar we pakken alle criteria samen die eerder bedacht zijn, en berekenen op basis daarvan de optimale oplossing. Zo kunnen we een exacte oplossing geven.’
Later dit jaar zal Wohlers promoveren op haar onderzoek naar het vergelijken van eiwitten. Het exacter en kwantitatiever maken van biologisch onderzoek is een belangrijk doel in het Life Sciences-onderzoek op het CWI.
De applicatie is te vinden op http://csa.project.cwi.nl
Meer informatie
